Za postanak Kotora vezuju se mnoge legende. U jednoj od njih se kaže: “Grčka vila Alkima, koja je stanovala u pećini Vilnici iznad današnjeg grada, savjetovala je da se grad ne gradi na brdu kako su to namjeravali tadašnji doseljenici. Morska obala treba da bude vaš stan, jer vam bez mora nema života. Na brdu nema brodu pristaništa ni konju poilišta.”
Grad Kotor je prvi put bio naseljen u vrijeme antičkog Rima, kada je bio poznat pod nazivom Acruvium i bio deo rimske provincije Dalmacije. Naziv Ascrivium ili Ascruvium prvi put se pominje 168. pre nove ere. Kotor je bio utvrđen još od ranog srednjeg vijeka, kada je imperator Justinijan prvi sazidao tvrđavu iznad Ascrivium-a 535, posle proterivanja Gota, a drugi grad je vjerovatno sazidao Konstantin Porfirogenit u X vijeku na visijama iznad grada. Grad su 840. poharali Saraceni.
Početkom drugog milenijuma Kotor su opljačkali Bugari, a kasnije je makedonski car Samuilo predao grad Srbiji, ali je grad, pod zaštitom Srbije, a u savezu s Dubrovnikom, sačuvao nedirnutim svoje republikanske institucije, i svoje pravo da zaključuje ugovore i učestvuje u ratu. U to vreme on je već bio episkopsko sedište a u XIII. veku su ustanovljeni dominikanski i franjevački manastiri da spreče širenje bogumilstva. U XIV vijeku trgovina grada Cattaro, kako je tada zvan, konkurisala je dubrovačkoj i izazivala zavist Venecije.Za vrijeme dinastije Nemanjića, Kotor je uživao veliku autonomiju i povlastice. Pad Srbije 1389. ostavio je grad bez zaštite, i pošto je naizmenice padao u ruke Mlečana i Mađara, konačno je 1420. došao pod mletačku vlast. Kotor su opsađivali i Turci 1538. i 1657, posećivala ga kuga 1572, a gotovo je uništen u zemljotresima 1563 i 1667.
Po Sporazumu iz Kampoformija iz 1797. prešao je u ruke Austrije, ali je 1805, po Požunskom miru, dodeljen Italiji, da bi konačno postao deo francuskog carstva 1810. I tako putujući kroz vrijeme stižemo i do 19. vijeka. Godine 1814, grad je vraćen Austriji posle Bečkog kongresa. Pokušaj prisilnog regrutovanja stanovništva, napušten 1869, ali uspešan 1881, izazvao je dve kratkotrajne pobune među Krivošijama na zapadnoj strani planine Orjena, za koje vreme je Kotor bio sedište austrijskog štaba. U Prvom svetskom ratu Kotor je bio poprište žestokih borbi između Crne Gore i Austro-Ugarske. Posle 1918. Kotor je postao deo Jugoslavije, a posle 1945. deo tadašnje Socijalističke Republike Crne Gore u okviru socijalističke Jugoslavije. Pre tridesetak godina, 15. aprila 1979. godine, Kotor, kao i ostali gradvi Crne Gore, doživio je razoran zemljotres pretrpevši znatna oštećenja. Rekonstrukcija je trajala čitavu deceniju.